水利学院共计11个党支部，分别为：农业水利工程党支部、水利水电工程党支部、土木工程党支部、水土保持与荒漠化防治党支部、测绘工程党支部、本科生第一党支部、本科生第二党支部、博士党支部、2023级硕士党支部、2024级硕士党支部、2025级硕士党支部。

截至2026年5月全院党员共计266人，教工党员73人，学生党员193人。

1.农业水利工程党支部。党支部书记：陈涛涛；组织委员：郑俊林；宣传委员：吴晓丽。

 2.水利水电工程党支部。党支部书记：付玉娟；组织委员：姬建梅；宣传委员：马天骁。

 3.土木工程党支部。党支部书记：白义奎；党支部副书记：谢立群；组织委员：南波；宣传委员：吴红爽。

 4.水土保持与荒漠化防治党支部。党支部书记：贾玉华；组织委员：马仁明；宣传委员：贾燕锋；纪检委员：王志丹。

 5.测绘工程党支部。党支部书记：高振东；组织委员：张婷婷；宣传委员：林茂森。

 6.本科生第一党支部。党支部书记：刘璐；组织委员：朱文博；宣传委员：吴萱庭。

 7.本科生第二党支部。党支部书记：潘雪峰；组织委员：徐坤鹏；宣传委员：闫思晨。

 8.博士党支部。党支部书记：张昊希；组织委员：张琬婷；宣传委员：陈弘扬；纪检委员：于金荣。

 9.2023级硕士党支部。党支部书记：陈琪；组织委员：刘一峰；宣传委员：付佳。

 10.2024级硕士党支部。党支部书记：高娜；副书记：赵一杰；组织委员：杨慧娜；宣传委员：孙治河。

 11.2025级硕士党支部。党支部书记：李晓楠；副书记：陈好；组织委员：徐策；宣传委员：沈欣茹。